应用于化学中原子追踪的半群 Cayley 图
分子网络
2021-08-10 v1 离散数学
摘要
虽然使用同位素标记化合物的原子追踪是阐明反应机理等不可或缺且精细的湿实验工具,但仅有有限的形式化方法可处理该问题。特别是当考虑立体特异性的大型(生物)化学网络时,严格的技术是必不可少的。我们提出一种利用幺半群右 Cayley 图的方法,以通过反应序列并发追踪原子并预测其在产物分子中的潜在位置。这不仅可以用于系统性地建立假设或排除反应机理(我们将以 ANRORC 机理“亲核试剂加成、开环和关环”为例),还可用于推断(生物)化学系统中自然出现的子系统。我们的结果包括对 TCA 循环中碳痕迹的分析,以及基于右 Cayley 图在相关原子集上的投影推断子系统。
引用
@article{arxiv.2108.04077,
title = {Cayley Graphs of Semigroups Applied to Atom Tracking in Chemistry},
author = {Nikolai Nøjgaard and Walter Fontana and Marc Hellmuth and Daniel Merkle},
journal= {arXiv preprint arXiv:2108.04077},
year = {2021}
}