系留粒子运动实验的校准
定量方法
2008-10-14 v1 生物大分子
摘要
系留粒子运动（TPM）方法已被用于观察和表征多种蛋白质-DNA相互作用，包括DNA成环和转录。TPM实验利用DNA系留珠子的布朗运动来探测系留物中与生物学相关的构象变化。在这些实验中，珠子随机运动范围的变化被用作底层大分子动力学的报告信号，并且通常被认为足以用于TPM分析。然而，完整理解运动如何依赖于系留粒子复合物的物理性质，将有助于对TPM数据进行更定量和准确的评估。例如，这种理解可以帮助从TPM数据中提取关于成环复合物几何结构（或多种共存几何结构）的细节。为了更好地表征涉及DNA系留物的TPM实验的测量能力，我们作为DNA长度和粒子大小的函数，对TPM幅度进行了详细的校准。我们还探讨了采集时间和曝光时间等实验参数如何影响系留粒子的表观运动。我们将DNA长度从200bp变化到2.6kbp，并考虑了200、490和970nm的粒子直径。我们还对测量的粒子偏移与理论预期进行了系统比较，这有助于澄清DNA构象的实验和模型。
引用
@article{arxiv.0810.2284,
title = {Calibration of Tethered Particle Motion Experiments},
author = {L. Han and B. Lui and S. Blumberg and J. Beausang and P. Nelson and R. Phillips},
journal= {arXiv preprint arXiv:0810.2284},
year = {2008}
}
备注
To appear in Mathematics of DNA Structure, Function and Interactions eds. C.J. Benham et al. (Springer, 2008)