利用单分子拴系粒子运动探测 DNA 中的无标记局部弯曲
生物大分子
2016-04-20 v1 软凝聚态物质
摘要
能够表征 DNA 局部弯曲对于深入理解许多生物过程至关重要，因为这些过程涉及双螺旋轴的局部弯曲，无论是序列固有的还是由蛋白质结合诱导的。开发一种测量 DNA 弯曲角度而不扰动 DNA 自身或 DNA-蛋白质复合物构象的方法是一项挑战性任务。在此，我们提出一种理论-实验联合的高通量方法，利用拴系粒子运动 (TPM) 技术严格测量此类弯曲角度。通过仔细建模 TPM 几何，我们提出一个基于带扭结蠕虫状链 (kinked Worm-Like Chain) 模型的简单公式，从 TPM 测量中提取弯曲角。使用由 575 碱基对 DNA 构成、含有 1 至 7 个 6A-tracts 同相组装的构建体，我们发现序列 CA6CGG 诱导 19 [4] ° 的弯曲角。我们的方法成功地与更复杂的理论或实验侵入性方法如环化、NMR、FRET 或 AFM 进行比较。我们进一步将我们的程序应用于文献中的 TPM 测量，并证明由蛋白质（如整合宿主因子 (Integration Host Factor, IHF)）诱导的弯曲角度也能可靠评估。
引用
@article{arxiv.1504.07902,
title = {Probing a label-free local bend in DNA by single-molecule Tethered Particle Motion},
author = {Annaël Brunet and Sébastien Chevalier and Nicolas Destainville and Manoel Manghi and Philippe Rousseau and Maya Salhi and Laurence Salomé and Catherine Tardin},
journal= {arXiv preprint arXiv:1504.07902},
year = {2016}
}
备注
in Nucleic Acids Research published March 12, 2015