拥挤介质中的悬挂粒子运动技术：全球 macromolecules 对 DNA 的压实
生物物理
2024-10-15 v1 软凝聚态物质
摘要
悬挂粒子运动 (TPM) 是一种单分子技术，通过跟踪悬浮于流体中的纳米粒子 (NP) 的运动，而该粒子通过 DNA 链与玻璃表面相连。本研究探讨了 TPM 技术是否适用于含有拥挤剂的流体，其体积分数范围从活体大肠杆菌核糖体约 30% 增加到拥挤临界值约 66%。具体而言，我们关注 TPM 是否可用于表征由球形拥挤剂导致的 DNA 压实。为此，进行了大量布朗运动动力学仿真，构建了一个特定的粗粒度模型。仿真分析揭示了稀释介质中未观察到的几种效应，这些效应对 TPM 设置提出了约束。特别是，用更小的荧光标签取代 NP 的悬挂荧光运动 (TFM) 技术，可能比标准 TPM 更适合。此外，可能需要采用不涉及亲水性修补面片的样品制备技术。最后，可能需要使用 DNA 刷才能接近体内 DNA 浓度。
引用
@article{arxiv.2410.10231,
title = {Tethered Particle Motion Technique in Crowded Media: Compaction of DNA by Globular Macromolecules},
author = {Marc Joyeux},
journal= {arXiv preprint arXiv:2410.10231},
year = {2024}
}