DNA 凝胶电泳的布朗动力学研究 II. 伸缩运动中的“缺陷”动力学
软凝聚态物质
2007-05-23 v1 统计力学
摘要
借助我们开发的布朗动力学(BD)模拟方法,我们研究了在恒定场凝胶电泳(CFGE)中单个 DNA 的动力学,重点关注 de Gennes 提出的“缺陷”概念在 CFGE 中的相关性。我们在 BD 模型中显式引入了相应的体现,我们称之为松弛珠(s-beads)。在零场平衡状态下,发现 s-beads 之间的距离及其跳跃范围随机分布,服从泊松分布。在强场范围内,当链进行伸缩运动时,观察到 s-beads 在链伸长时被交替湮灭,在链收缩时被交替产生。另一方面,s-beads 跳跃范围的分布与平衡态下的分布差异不大。结果表明,链伸长的运动由大量 s-beads 的随机运动组成。我们还证实了 s-beads 的这些特征与我们最近提出的扩展键涨落模型(EBFM)中 s-monomers 的特征在定性上是一致的。两次模拟的吻合有力地支持了我们先验地引入 EBFM 的 s-monomers 随机半局域运动。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0111100,
title = {Brownian Dynamics Studies on DNA Gel Electrophoresis. II. `Defect' Dynamics in the Elongation-Contraction Motion},
author = {Ryuzo Azuma},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0111100},
year = {2007}
}
备注
14 pages, 11 figures