熵阱阵列中DNA分离机制:布朗动力学模拟
生物物理
2007-05-23 v1 定量方法
摘要
利用布朗动力学模拟,我们研究了长带电链在由交替的深区域和窄收缩构成的微观熵阱阵列组成的电泳微通道装置中的迁移。该装置由Han等人最近设计并制造,用于DNA分子的分离(Science, 2000)。我们的模拟再现了实验观察到的迁移率随DNA长度增加而增加的现象。详细的数据分析使我们能够识别这种行为的原因。两种不同的机制导致较短链的减速。一种机制已由Han等人先前描述:链在收缩入口处被延迟,逃逸速率随链长增加而增加。另一种实际上占主导地位的机制是本文首次报道的:一些链从其主路径扩散到盒子的角落,并在那里长时间被困。这种情况发生的概率随扩散常数(即链长的倒数)的增加而增加。
引用
@article{arxiv.physics/0405152,
title = {Mechanisms of DNA separation in entropic trap arrays: A Brownian dynamics simulation},
author = {Martin Streek and Friederike Schmid and Thanh Tu Duong and Alexandra Ros},
journal= {arXiv preprint arXiv:physics/0405152},
year = {2007}
}
备注
to appear in J. Biotechnology