生物图像信息学索引 BIII：一个由生物成像社区构建并服务于该社区的独特图像分析工具与工作流数据库
定量方法
2023-12-19 v1
摘要
生物图像分析近期已成为生物学研究的基石之一，但生物学家往往迷失于海量的可用软件以及如何将现有工具调整以适应其自身图像分析问题的困境中。我们推出了 BIII（BioImage Informatics Index，www.biii.eu），这是首次大规模社区努力的成果，旨在以众包网络知识数据库的形式，连接算法与软件开发人员、生物图像分析师及生物学家等社区。该数据库依据社区构建的标准，对超过 1300 种软件工具、20 多个用于基准测试的图像数据库以及 70 多份培训材料进行了引用和策展，从而触达更广泛的受众。软件工具被组织为完整的分析协议（工作流）、构建工作流的特定模块（组件），或软件平台与库（集合）。所有条目均使用 Edam Bio Imaging 进行描述，该本体通过本网站迭代定义。所有条目均遵循 FAIR 原则公开，并可供其他用途访问。
引用
@article{arxiv.2312.11256,
title = {Bio-Image Informatics Index BIII: A unique database of image analysis tools and workflows for and by the bioimaging community},
author = {Chong Zhang and Alban Gaignard and Matus Kalas and Florian Levet and Felipe Delestro and Joakim Lindblad and Natasa Sladoje and Laure Plantard and Alain Latour and Robert Haase and Gabriel Martins and Paula Sampaio and Leandro Scholz and NEUBIAS taggers and Sébastien Tosi and Kota Miura and Julien Colombelli and Perrine Paul-Gilloteaux},
journal= {arXiv preprint arXiv:2312.11256},
year = {2023}
}
备注
5 pages of main article including one figure and references, followed by the lis of taggers, the description of the ontologies in uses and some example of usage