bia-binder：面向生物图像分析社区的Web原生云计算服务
定量方法
2024-11-20 v1
摘要
我们介绍了bia-binder（BioImage Archive Binder），这是一个开源、云架构且基于Web的编码环境，专为生物图像分析量身定制，所有研究人员均可免费访问。该服务生成易于使用的Jupyter Notebook编码环境，托管于提供大量计算资源的EMBL-EBI Embassy Cloud上。bia-binder架构免费、开源且公开可供部署。其特点是能够快速、直接地访问BioImage Archive、Image Data Resource和BioStudies数据库中的图像。我们相信，该服务能够在缓解当前学术界科学资源获取不平等的问题中发挥作用。由于bia-binder能够生成指向已编译编码环境的永久链接，我们预见该服务将在社区内得到广泛应用并促进探索性研究。bia-binder使用helmsman和helm构建与部署，并在MIT许可证下发布。可通过binder.bioimagearchive.org访问，并可在任何标准Web浏览器上运行。
引用
@article{arxiv.2411.12662,
title = {bia-binder: A web-native cloud compute service for the bioimage analysis community},
author = {Craig T. Russell and Jean-Marie Burel and Awais Athar and Simon Li and Ugis Sarkans and Jason Swedlow and Alvis Brazma and Matthew Hartley and Virginie Uhlmann},
journal= {arXiv preprint arXiv:2411.12662},
year = {2024}
}