生物图像与基因组数据库:链接图像与基因组信息的社区注释工具
基因组学
2013-01-09 v1
摘要
基因组数据和生物医学成像数据正经历指数级增长。然而,我们对连接这两类数据的表型 - 基因型联系的理解却滞后不前。虽然有许多类型的软件能够分别处理和图像数据与基因组数据,但尚未建立链接两者的框架。我们提出了一套通用的软件工具 BioDIG,用于将图像数据与基因组数据相链接。BioDIG 工具可应用于需要链接图像与基因组的广泛研究问题。BioDIG 具有以下特点:快速构建基于网络的工作台、基于社区的注释、用户管理和网络服务。通过使用 BioDIG 创建网站,研究人员和策展人可以快速用基因组信息注释大量图像。在此,我们介绍了 BioDIG 软件工具,包括图像模块、基因组模块和用户管理模块。我们还介绍了一个基于 BioDIG 的网站 MyDIG,该网站正被用于注释支原体的图像。
引用
@article{arxiv.1212.0447,
title = {Biological Database of Images and Genomes: tools for community annotations linking image and genomic information},
author = {Andrew T. Oberlin and Dominika A. Jurkovic and Mitchell F. Balish and Iddo Friedberg},
journal= {arXiv preprint arXiv:1212.0447},
year = {2013}
}
备注
This article has been submitted for publication in Database \copyright: 2012-2013 Iddo Friedberg Published by Oxford University Press on behalf of all authors. All rights reserved