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孤磷啼鸟素 $TMPyP^{3+}$ 与聚(A)-聚(U) 核苷酸聚合物的结合:紫外-可见光谱研究

生物物理 2024-04-19 v1

摘要

孤磷啼鸟素是广泛用于抗癌光动力疗法的光敏剂,属于大环类化合物。本文研究了阴性缓冲溶液中 pH6.9、低至近生理电解质浓度下的,三正电荷的 meso-三(甲基吡啶)啼鸟素 TMPyP3+TMPyP^{3+} 与聚(A)-聚(U) 核苷酸聚合物的结合行为。通过吸收光谱、偏振荧光、荧光滴定和共振光散射等手段,成功证实了 TMPyP3+TMPyP^{3+} 能有效结合生物高分子。我们提出一种结合模型:在 P/D 比例小于 4 时,孤磷啼鸟素与核苷酸聚合物 Backbone 外部结合为主,无自堆积;而在 P/D 比例大于 30 时,部分堆叠的孤磷啼鸟素 J-二聚体被嵌入聚合物沟槽中。在所有 P/D 范围内,结合后都观察到孤磷啼鸟素的荧光强度增强,这与其结合聚(G)-聚(C) 核苷酸聚合物时在低 P/D 比例下荧光显著被淬灭的结果不同,表明 TMPyP3+TMPyP^{3+} 可在低 P/D 比例下区分聚(A)-聚(U) 和聚(G)-聚(C) 核苷酸聚合物。近似符合电荷计量比 P/D = 3 时,观察到高度散射的孤磷啼鸟素延伸聚集体的形成。在近生理电解质浓度溶液中,孤磷啼鸟素的外部结合和聚集效率被降低。

关键词

引用

@article{arxiv.2404.12245,
  title  = {Binding of $TMPyP^{3+}$ porphyrin to poly(A)-poly(U) polynucleotide: a spectroscopic study},
  author = {Olga A. Ryazanova and Igor M. Voloshin and Igor Ya. Dubey and Larysa V. Dubey and Victor A. Karachevtsev},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2404.12245},
  year   = {2024}
}

备注

23 pages, 6 figures, 1 table