甲基脱镁叶绿酸-a与不同二级结构核酸的结合：一项光谱学研究
生物物理
2018-11-06 v1 生物大分子
摘要
利用吸收光谱和偏振荧光光谱方法，研究了中性甲基脱镁叶绿酸-a（MePheo-a）与多种合成多核苷酸、双链 poly(A)-poly(U)、poly(G)-poly(C) 和四链 poly(G) 以及小牛胸腺 DNA 的结合。测量在 pH 6.9、低离子强度（2 mM Na+）的水缓冲溶液中进行，磷酸盐与染料摩尔比（P/D）范围很宽。测定了染料与生物聚合物所形成的复合物的吸收和荧光特征。MePheo-a 与四链 poly(G) 的结合伴随最显著的光谱变化：染料吸收减色效应、Soret 吸收带（约 26 nm）和荧光带（约 9 nm）最大值的较大红移、染料发射强度增强 48 倍。相比之下，其与双链多核苷酸和天然 DNA 的结合仅引起吸收带和荧光带的小位移，以及不超过 4 倍的荧光强度升高。MePheo-a 与四链 poly(G) 结合时观察到显著的光谱变化和较高的荧光偏振度（0.26），使我们推测染料发色团嵌入鸟嘌呤四联体之间。同时，MePheo-a 与双链生物聚合物结合时较小的光谱变化和略微增加的荧光偏振度（0.12）指向另一种结合类型。推测 MePheo-a 以二聚体形式并入螺旋沟槽中。MePheo-a 与四链 poly(G) 结合时发射的显著增强使我们提议将该化合物作为 G-四链体结构的新型荧光探针。
引用
@article{arxiv.1811.01618,
title = {Binding of Pheophorbide-a methyl ester to nucleic acids of different secondary structures: A spectroscopic study},
author = {Olga Ryazanova and Victor Zozulya and Igor Voloshin and Larysa Dubey and Igor Dubey},
journal= {arXiv preprint arXiv:1811.01618},
year = {2018}
}
备注
13 pages, 6 figures, 27 references