采样质子化状态：多肽二聚体的 pH 依赖性紫外吸收光谱
化学物理
2018-09-10 v1
摘要
当发色团与可滴定分子位点相互作用时，其光物理性质的建模需要考虑所有可能的质子化状态。我们开发了一种多尺度方案，基于恒定 pH 分子动力学模拟耦合 QM/MM 激发能计算，旨在对一个包含与两个天冬氨酸残基相互作用的酪氨酸-色氨酸二聚体的短多肽的相空间和质子化状态空间进行采样。我们表明，该方案足够精确，能够在酸性和碱性 pH 下重现酪氨酸的紫外吸收光谱。此外，研究证实，由于从酪氨酸的电子转移，紫外诱导的自由基色氨酸被还原，最终解释了多肽光谱复杂的 pH 依赖性行为。
引用
@article{arxiv.1710.03684,
title = {Sampling the protonation states: pH-dependent UV absorption spectrum of a polypeptide dyad},
author = {Elisa Pieri and Vincent Ledentu and Nicolas Ferré},
journal= {arXiv preprint arXiv:1710.03684},
year = {2018}
}