BiMAT：一个用于促进二分网络分析与可视化的 MATLAB(R) 软件包
定量方法
2014-07-18 v2 物理与社会
摘要
近年来，二分生态网络结构的统计分析日益重要。然而，现有的网络结构分析算法和软件包主要关注单部网络（unipartite networks）的性质。为此，我们介绍了 BiMAT，这是一个面向对象的 MATLAB 软件包，用于研究二分生态网络的结构。BiMAT 能够利用一系列广泛采用的算法分析网络结构，包括模块度（modularity）和嵌套性（nestedness）等特征。BiMAT 还包含多种零模型（null models），用于评估网络性质的统计显著性。此外，BiMAT 能够执行结构的多尺度分析，这是许多生物网络中一个潜在且尚未被充分研究的特征。最后，BiMAT 依托 MATLAB 的图形功能，能够以矩阵或图布局形式可视化二分网络的统计结构。BiMAT 作为一个开源软件包，可在 http://ecotheory.biology.gatech.edu/cflores 获取。
引用
@article{arxiv.1406.6732,
title = {BiMAT: a MATLAB(R) package to facilitate the analysis and visualization of bipartite networks},
author = {Cesar O. Flores and Timothée Poisot and Sergi Valverde and Joshua S. Weitz},
journal= {arXiv preprint arXiv:1406.6732},
year = {2014}
}
备注
15 pages, 5 figures. Plan to be submitted to a Journal