通过光谱计数与离子丰度分析 LC-MS/MS 数据：两个案例研究
应用统计
2015-03-19 v1 定量方法
摘要
在比较蛋白质组学研究中，LC-MS/MS 数据通常使用两种测量指标中的一种或两种进行量化：源自 MS/MS 光谱鉴定的光谱计数，或源自 LC-MS 数据的某种离子丰度测量。在此，我们对比了这些测量指标的性能，并表明离子丰度具有更高的灵敏度。我们还考察了比较分析的结论如何受到 LC-MS/MS 数据“汇总”至蛋白质水平的方式的影响，并表明使用不同汇总方式得出的分歧结论可以提供有用的信息。我们的分析基于两个公开可用的参考数据集 BIATECH-54 和 CPTAC，这两个数据集是为评估无标记差异蛋白质组学研究中所用方法而开发的。我们发现，使用离子丰度测量指标揭示了这两个数据集的某些特性，而这些特性在使用光谱计数时并不明显。
引用
@article{arxiv.1111.4721,
title = {Analyzing LC-MS/MS data by spectral count and ion abundance: two case studies},
author = {Thomas I. Milac and Timothy W. Randolph and Pei Wang},
journal= {arXiv preprint arXiv:1111.4721},
year = {2015}
}
备注
12 pages, 10 figures