集胞藻PCC6803基因组中相关结构的分析
基因组学
2014-11-18 v1
摘要
利用递归图方法和相空间重构技术，研究了集胞藻（Synechocystis sp. PCC6803）基因组中核苷酸串的转移，以展示周期性和非周期性相关结构。周期性相关结构由嵌入基因编码区的长周期或非周期核苷酸串中若干子串的周期性转移产生。非周期性相关结构由覆盖或重叠基因编码区的若干子串的非周期性转移产生。在周期性和非周期性转移中，一些间隙将长核苷酸串分割成子串，并阻止其全局转移。大多数间隙是单碱基替换或单碱基插入/缺失。在重构相空间中，通过第二最大距离进行连续迭代转移的两步或三步生成的点可由两条直线拟合。这在一定程度上揭示了核苷酸串转移的内在动力学。通过比较相对位置和长度，与非周期性相关结构相关的子串几乎与基因组中注释的移动元件相同。因此，移动元件被赋予了关于相关结构的基本结果。
引用
@article{arxiv.1411.4121,
title = {Analysis of correlation structures in the Synechocystis PCC6803 genome},
author = {Zuo-Bing Wu},
journal= {arXiv preprint arXiv:1411.4121},
year = {2014}
}
备注
29 pages, 6 figures