基于有色 de-Bruijn 图的无比对无参考系统发育基因组学
种群与进化
2019-05-16 v2 数据结构与算法
摘要
我们提出了一种基于全基因组的推断大规模系统发育树的新方法，该方法无比对且无参考。与其他方法不同，它不依赖两两比较来确定距离以推断树中的边。相反，我们构建有色 de-Bruijn 图，并提取关于公共子序列的信息以推断系统发育分裂。在不同数据集上的应用证实了该方法的鲁棒性。与现有其他最先进的全基因组方法的比较表明其具有相当或更高的准确率和效率。
引用
@article{arxiv.1905.04165,
title = {Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de-Bruijn graphs},
author = {Roland Wittler},
journal= {arXiv preprint arXiv:1905.04165},
year = {2019}
}