使用彩色de Bruijn图的全基因组系统发育树重建
种群与进化
2018-04-24 v2 数据结构与算法
摘要
我们提出kleuren，一种利用彩色de Bruijn图重建系统发育树的新颖无组装方法。kleuren通过构建彩色de Bruijn图并遍历它来工作，在图中寻找提供系统发育信号的泡状结构。然后将这些泡对齐并拼接成超级矩阵，从中推断系统发育树。我们介绍了kleuren用于完成此任务的算法，并展示其在重建12个果蝇物种系统发育树上的性能。kleuren准确重建了既定的系统发育树，并且是使用全基因组序列进行系统发育树重建的可行工具。软件包可从 https://github.com/Colelyman/kleuren 获取。
引用
@article{arxiv.1709.00164,
title = {Whole Genome Phylogenetic Tree Reconstruction Using Colored de Bruijn Graphs},
author = {Cole A. Lyman and M. Stanley Fujimoto and Anton Suvorov and Paul M. Bodily and Quinn Snell and Keith A. Crandall and Seth M. Bybee and Mark J. Clement},
journal= {arXiv preprint arXiv:1709.00164},
year = {2018}
}
备注
6 pages, 3 figures, accepted at BIBE 2017. Minor modifications to the text due to reviewer feedback and fixed typos