ERK动力学的代数、几何与拓扑
定量方法
2021-12-02 v1 代数几何
代数拓扑
应用统计
摘要
MEK/ERK信号通路参与细胞分裂、细胞特化、存活和细胞死亡。此处我们研究由Yeung等人提出的、结合其实验设置、数据和已知生物学信息描述MEK/ERK动力学的多项式动力系统。该实验数据集为野生型MEK或与癌症或发育缺陷相关的MEK突变激活后不同磷酸化状态ERK测量的时间序列。我们展示了来自计算代数几何、微分代数、贝叶斯统计和计算代数拓扑的方法如何分别用于MEK变体的模型简化、辨识和参数推断。自始至终，我们展示了这种代数视角如何对此类模型提供严格而系统的分析。
引用
@article{arxiv.2112.00688,
title = {Algebra, Geometry and Topology of ERK Kinetics},
author = {Lewis Marsh and Emilie Dufresne and Helen M. Byrne and Heather A. Harrington},
journal= {arXiv preprint arXiv:2112.00688},
year = {2021}
}