各向异性配体结合疏水模型口袋的亲和力、动力学与路径

利用通用口袋-配体模型的显式水分子动力学（MD）模拟，我们研究了小配体的化学与形状各向异性如何影响它们与疏水结合位点结合的亲和力、动力学速率及路径。特别地，我们研究了芳香族化合物，它们分子大小相似，但因不同的亲水或疏水残基而有所区别。我们证明最疏水的部分通常在结合到空腔时优先脱溶剂化，表明不同化学单元的特异性水合可通过“疏水扭矩”引导取向路径。此外，我们发现具有双峰取向涨落的配体，相较于先前观察到的因平动涨落而具有动力学势垒的球形配体，其结合动力学势垒显著增大。我们举例说明这些配体特异的动力学势垒影响结合与解离时间，我们观察到所研究配体间存在显著差异。