识别显著跨代甲基化变化的统计方法
定量方法
2014-09-30 v1 基因组学
摘要
表观遗传异常对表型输出具有深远影响。全基因组甲基化改变是可遗传的，能够将异常传递多代。我们开发了一种统计方法，即全基因组显著甲基化改变识别 (GISAIM)，用于研究显著的跨代甲基化变化。GISAIM 能够发现那些通过多代遗传的显著甲基化异常。在一项具体的生物学研究中，我们调查了在整個怀孕期间让怀孕大鼠 (F0) 暴露于高脂 (HF) 饮食，或在妊娠第 14-20 天暴露于补充乙炔雌二醇 (EE2) 的饮食，是否会影响其女儿 (F1)、孙女 (F2) 和曾孙女 (F3) 的致癌物诱导的乳腺癌风险。HF 大鼠母系的女儿和孙女，以及 EE2 大鼠母系的女儿、孙女和曾孙女的乳腺肿瘤发生率较高。杂交实验表明，增加的乳腺癌风险同等地通过雌性或雄性生殖系传递给 HF 孙女，但仅通过雌性生殖系传递给 EE2 孙女。对乳腺癌风险的跨代效应与 DNA 甲基转移酶表达增加有关，并且在所有三个 EE2 代系的乳腺组织中，相同的 375 个基因启动子区域均出现低甲基化或高甲基化。我们的研究表明，孕期母体膳食雌激素暴露可增加多代后代的乳腺癌风险，且这种风险增加可能是通过非遗传手段遗传的，可能涉及 DNA 甲基化。
引用
@article{arxiv.1409.7827,
title = {A Statistical Approach to Identifying Significant Transgenerational Methylation Changes},
author = {Ye Tian and Yi Fu and Guoqiang Yu and Bai Zhang and Yue Wang},
journal= {arXiv preprint arXiv:1409.7827},
year = {2014}
}
备注
4 pages, 4 figures