一个捕捉细菌 DNA 中新型链对称性的模型
基因组学
2014-01-15 v1
摘要
Chargaff 第二 parity rule 指出，对于短寡核苷酸，一条链上任意短核苷酸序列的频率近似等于同一条链上其反向互补序列的频率。近期研究表明，除细胞器 DNA 外，该 parity rule 通常适用于双链 DNA 基因组，而不适用于单链基因组。尽管 Chargaff 第一 parity rule 可由 DNA 双螺旋中的 Watson-Crick 配对完全解释，但第二 parity rule 尚无确定的解释。在本工作中，我们提出一个基于隐 Markov 过程的模型，用于近似原始 DNA 序列的分布结构。随后，我们利用该模型为 Chargaff 第二 parity rule 提供了另一种可能的理论解释，并预测了细菌 DNA 序列的新型分布特征。
引用
@article{arxiv.1401.3254,
title = {A model capturing novel strand symmetries in bacterial DNA},
author = {Marcelo Sobottka and Andrew G. Hart},
journal= {arXiv preprint arXiv:1401.3254},
year = {2014}
}
备注
This is a pre-copy-editing, author-produced preprint of an article accepted for publication in Biochemical and Biophysical Research Communications. The definitive publisher-authenticated version is available online at: http://dx.doi.org/10.1016/j.bbrc.2011.06.072 or http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006291X1101045X. 9 pages, 1 figure