一种双链形成的碱基配对模型 I：沃森-克里克配对几何
生物大分子
2007-05-23 v1
摘要
我们提出了一种寡核苷酸双链形成的碱基配对模型，并通过与仅含沃森-克里克对的短 DNA-DNA 和 DNA-RNA 杂交体双链形成自由能数据的拟合，详细展示了其与最近邻二聚体方法的等价性。在该方法中，DNA 双链的秩亏聚合物参数集与秩定寡核苷酸参数集之间的联系是透明的。该方法被推广到包含 RNA/DNA 杂交体，其中具有 11 个二聚体参数的秩亏模型实际上比具有 16 个独立二聚体参数的标准方法提供了略微改进的预测（平均误差分别为 4.5% 和 5.4%）。
引用
@article{arxiv.q-bio/0507041,
title = {A base pairing model of duplex formation I: Watson-Crick pairing geometries},
author = {J. D. Bashford and P. D. Jarvis},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0507041},
year = {2007}
}
备注
Latex file, 13 pages, no figures. Refereed draft of manuscript submitted to Biopolymers