微生物基因组 Web 门户的比较
基因组学
2018-10-31 v1
摘要
微生物基因组 Web 门户具有广泛的能力，可满足科学家的多种信息查找和分析需求。本文比较了主要微生物基因组 Web 门户的能力，以帮助研究人员确定哪些门户最适合解决其信息查找和分析需求。我们评估了 BioCyc、KEGG、Ensembl Bacteria、KBase、IMG 和 PATRIC 的生物信息学工具和数据内容。对于每个门户，我们的评估比较并统计了可用能力。BioCyc 的优势包括其基因组和代谢工具、多搜索能力、基于表格的分析工具、调控网络工具和数据、组学数据分析工具、数据内容的广度以及大量策展数据。KEGG 的优势包括其基因组和代谢工具。Ensembl Bacteria 的优势包括其基因组工具和大量基因组。KBase 的优势包括其基因组工具和代谢模型。IMG 的优势包括其基因组工具、多搜索能力、大量基因组、基于表格的分析工具以及数据内容的广度。PATRIC 的优势包括其大量基因组、基于表格的分析工具、代谢模型以及数据内容的广度。
引用
@article{arxiv.1810.12860,
title = {A Comparison of Microbial Genome Web Portals},
author = {Peter D. Karp and Natalia Ivanova and Markus Krummenacker and Nikos Kyrpides and Mario Latendresse and Peter Midford and Wai Kit Ong and Suzanne Paley and Rekha Seshadri},
journal= {arXiv preprint arXiv:1810.12860},
year = {2018}
}