XLMOD：交联与色谱衍生化试剂本体
生物大分子
2020-03-03 v1
摘要
质谱自 1980 年代首次应用于蛋白质分析以来经历了快速发展。虽然质谱用于蛋白质分析最常见的用途是对肽段（从其母体蛋白消化而来）的鉴定与定量流程，但质谱用于结构蛋白质组学的使用也在快速增长。一个例子是交联蛋白质的分析，其可提供有价值的结构信息，补充经典蛋白质结构测定方法获得的信息，有助于结构测定与建模的整合方法。对于交联质谱的广泛且可重复的应用，交联实验结果的标准化表示是必要的。本文描述 HUPO-PSI 对 xlmod 本体的开发与发布。xlmod 包含用于描述交联实验中使用的试剂及交联剂相关化学修饰的术语，以及用于规划和执行交联实验的相关主要性质。我们也描述 xlmod 如何在新发布的 HUPO-PSI 的 mzIdentML 数据标准中使用，以一致的方式报告所用交联试剂与结果。此外，xlmod 包含用于 GC-MS 和 LC-MS 衍生化试剂的术语，以在即将推出的 mzTab-M 和 mzTab-L 格式中指定它们。
引用
@article{arxiv.2003.00329,
title = {XLMOD: Cross-linking and chromatography derivatization reagents ontology},
author = {Gerhard Mayer},
journal= {arXiv preprint arXiv:2003.00329},
year = {2020}
}
备注
30 pages