生物相关化学空间的加权网络分析

在化学信息学中，化合物空间的网络表示已被广泛提出。其中，阈值网络由代表分子的节点组成。在该网络表示中，如果两个分子之间的Tanimoto系数（一种相似性度量）超过预设阈值，则它们由一条链接连接。然而，阈值网络的拓扑结构受预设阈值影响显著。在本研究中，我们收集了生物相关化合物和生物活性的数据。我们定义了加权网络，其中节点间每条链接的权重等于生物活性化合物（节点）之间的Tanimoto系数，而不使用阈值。我们研究了加权网络中链接连接强度与生物活性接近度之间的关系。我们发现，具有显著高或低生物活性的化合物比整体网络中的化合物具有更强的连接。