等待调控序列出现
概率论
2007-05-23 v1
摘要
人类与黑猩猩之间存在显著生物差异的一个可能解释是基因调控发生了改变。鉴于目前对转录因子结合位点的认识，这引出了如下概率问题：给定基因组中一段 1000 核苷酸区域，一个指定的六至九字母词在该区域某个个体中出现需要多长时间？Stone 与 Wray [Mol. Biol. Evol. 18 (2001) 1764--1770] 计算出六字母词的答案为 5950 年。此处我们将证明，对于长度为 6 的词，平均等待时间为 100,000 年；而对于长度为 8 的词，当群体一致序列中存在 7/8 字母匹配时（该事件概率约为 5/16），等待时间均值为 375,000 年，若不存在则均值为 6.5 亿年。幸运的是，在生物学现实中，与目标词的匹配不必完美即可发生结合。若我们建模为 7/8 字母匹配即足够，则均值降至约 60,000 年。
引用
@article{arxiv.math/0702883,
title = {Waiting for regulatory sequences to appear},
author = {Richard Durrett and Deena Schmidt},
journal= {arXiv preprint arXiv:math/0702883},
year = {2007}
}
备注
Published at http://dx.doi.org/10.1214/105051606000000619 in the Annals of Applied Probability (http://www.imstat.org/aap/) by the Institute of Mathematical Statistics (http://www.imstat.org)