利用测序覆盖度统计识别小须鲸性染色体
基因组学
2019-02-19 v1
摘要
日益增长的基因组测序与重测序项目是非模式生物生态与进化洞察的核心来源。基因组学的一个重要方面是阐明性别决定系统并识别性染色体上的基因。这不仅有助于揭示所研究物种性别决定背后的机制，而且性染色体的特征使其成为研究重组与基因组重排的机制及效应，以及它们如何影响适应与选择的独特工具。尽管如此，许多测序项目忽略了此类研究。在此，我们应用一种利用测序覆盖度统计的简单方法来识别属于小须鲸性染色体的 scaffolds，并展示如何仅用覆盖度统计确定性别染色体系统。利用公开可用数据，我们将一头此前性别未知的南极小须鲸鉴定为雌性。我们进一步调查了不同小须鲸物种与亚种的公共序列数据，并将已发表小须鲸组装中的基因组 scaffolds 分类为 X 或 Y 染色体序列。我们的发现与先前将少数 scaffolds 鉴定为性染色体的结果一致，但我们能够识别大得多的 scaffolds 集合，可能代表了接近完整的小须鲸性染色体序列。序列覆盖度统计为研究性别决定系统和定位性染色体上的基因提供了一种现成可用的工具。该分析直截了当，且通常可利用现有资源完成。
引用
@article{arxiv.1902.06654,
title = {Using sequencing coverage statistics to identify sex chromosomes in minke whales},
author = {Ketil Malde and Rasmus Skern and Kevin A. Glover},
journal= {arXiv preprint arXiv:1902.06654},
year = {2019}
}