基于系统发育放置的宏基因组分析——第一个十年的综述
种群与进化
2025-01-09 v2 基因组学
摘要
系统发育放置（phylogenetic placement）是指一类用于分析、可视化和解释由高通量测序产生的宏基因组测序数据洪流的工具与方法。与替代性（例如基于相似度的）方法相比，它利用一组已知参考序列并将进化历史纳入考虑，将 metabarcoding 序列置于系统发育背景中。由此，人们可以提高宏基因组调查的准确性，并消除与现有序列数据库具有精确或近似匹配的要求。系统发育放置本身即是一种有价值的分析工具，但也带来大量用于解释其结果的下游工具。一个常见用例是分析从宏基因组测序获得的物种群落，例如通过分类学指派、多样性量化、样本比较以及与环境变量相关性的识别。在本综述中，我们概述了头十年间开发的方法。具体而言，本综述的目标为：(i) 阐明系统发育放置的用途并展示其若干用例；(ii) 勾勒从原始序列到可发表图表的全流程，包括最佳实践；(iii) 介绍最常见的工具与方法及其能力；(iv) 指出常见的放置陷阱与误解；(v) 展示典型的基于放置的分析，以及它们如何帮助分析、可视化和解释系统发育放置数据。
引用
@article{arxiv.2202.03534,
title = {Metagenomic Analysis using Phylogenetic Placement -- A Review of the First Decade},
author = {Lucas Czech and Alexandros Stamatakis and Micah Dunthorn and Pierre Barbera},
journal= {arXiv preprint arXiv:2202.03534},
year = {2025}
}