一种系统发育放置的格式

我们开发了一种统一的系统发育放置格式，即环境序列数据（例如短读长）到系统发育树的映射。开发此格式的动机在于计算和后处理系统发育放置的工具日益增多，而缺乏存储它们的标准。该格式轻量、通用、可扩展，并基于可被大多数现代编程语言解析的 JSON 格式。我们的格式已在几种用于计算和后处理基于简约法和似然法的系统发育放置的工具中实现，并在实践中表现良好。我们相信，在这一早期阶段建立用于分析读长放置的标准格式，将促进针对日益增长的系统发育放置应用的高效开发，从而产生更强大且可移植的后分析工具。