不仅仅是 $N_e$ $N_e$-更多：SMC 从生态学到系统发育的新应用
种群与进化
2025-06-03 v1
摘要
基因组包含生物体进化历史的突变足迹，这些足迹由包括生态因素、选择压力和生活史特征在内的多种力量塑造。序列马尔可夫共祖 (SMC) 是一种用于样本基因组基因谱系的通用且易于处理的模型，它捕捉了这一共同历史。利用 SMC 的方法，如 PSMC 和 MSMC，已被广泛应用于进化和生态学中以推断种群历史。然而，这些方法忽略了常见的生物学特征，如基因流事件和结构变异。最近，SMC 方法的适用性得到了多项扩展：包含带迁移的隔离模型、与多物种共祖的整合、生态变量（如自交和休眠）的引入、扩散率的推断，以及在将这些模型应用于数据时的诸多计算进展。我们概述了 SMC 模型及其近期的各种扩展，讨论了通过基于 SMC 推断获得生物学发现的实例，并评论了各种方法的假设、优缺点。
引用
@article{arxiv.2506.00692,
title = {Not Just $N_e$ $N_e$-more: New Applications for SMC from Ecology to Phylogenies},
author = {David Peede and Trevor Cousins and Arun Durvasula and Anastasia Ignatieva and Toby G. L. Kovacs and Alba Nieto and Emily E. Puckett and Elizabeth T. Chevy},
journal= {arXiv preprint arXiv:2506.00692},
year = {2025}
}
备注
36 pages, 4 figures