酶中折叠编码的局域化振动的普适性
生物物理
2019-02-27 v1 生物大分子
摘要
酶可将生命核心处的生化反应加速多达 15 个数量级。然而,尽管取得了可观进展,其催化效率在微观层面的精细动力学决定因素仍不清楚。本工作中,我们采用一种强有力的数学方法表明,皮秒量级、由三维蛋白质结构特异性编码的促速率振动,是与活性位点处化学反应坐标最优耦合的局域化振动。我们在超过 900 个酶结构(共包含逾 10,000 个经实验注释的催化位点)的数据库中证明了这些特征的普适性。我们的理论为已知的酶活性位点微妙结构紧致性提供了自然的微观解释。
引用
@article{arxiv.1902.09939,
title = {Universality of fold-encoded localized vibrations in enzymes},
author = {Yann Chalopin and Francesco Piazza and Svitlana Mayboroda and Claude Weisbuch and Marcel Filoche},
journal= {arXiv preprint arXiv:1902.09939},
year = {2019}
}
备注
10 pages, 9 figures