用于解析蛋白质生物学功能的结合位点复合结构基序

大多数生物过程被描述为蛋白质与其他分子之间的一系列相互作用，而这些相互作用又通过原子结构来描述。为了在原子分辨率下将蛋白质功能注释为相互作用状态的集合，从而更好地理解蛋白质相互作用与生物学功能之间的关系，我们对所有已知的配体（包括小分子、蛋白质和核酸）结合位点进行了详尽的全局原子结构比较，并识别出重复出现的基本基序。通过整合与每个亚基相关的基本基序，我们定义了复合基序，这些基序代表了基本基序的上下文相关组合。结果表明，与蛋白质序列或单个结合位点的相似性相比，从复合基序相似性可以更好地推断功能相似性。通过整合与每个蛋白质功能相关的复合基序，我们定义了元复合基序，每个元复合基序都被视为生物过程的一个与时间无关的图解表示。研究表明，元复合基序比序列聚类提供了更丰富的生物过程注释。本研究结果通过结合位点结构的分类和整合，为将原子结构与更高层次的生物现象联系起来奠定了基础。