周期性 DNA 发夹结构的展开动力学
生物物理
2013-12-17 v1 统计力学
生物大分子
摘要
具有周期性碱基序列的 DNA 发夹分子，其作为开放碱基对数量和施加机械力函数的粗粒化自由能景观 (FEL) 预计会呈现出规律性。使用常用模型，我们首先分析了哪些类型的序列能预测出特别简单的景观结构，其中部分展开态之间的正向和反向能垒随力线性减小。随后通过动力学蒙特卡洛模拟生成了具有简单 FEL 的此类分子的随机展开轨迹。引入可从这些轨迹中采样的概率，展示了如何估算表征 FEL 的参数。仅需 300 条轨迹（通常为实验中生成的数量），即可为 FEL 参数提供可靠的结果。
引用
@article{arxiv.1312.4146,
title = {Unfolding kinetics of periodic DNA hairpins},
author = {Sandra Nostheide and Viktor Holubec and Petr Chvosta and Philipp Maass},
journal= {arXiv preprint arXiv:1312.4146},
year = {2013}
}
备注
16 pages, 9 figures