利用经典代数统计学揭示染色体疆域的邻近性
应用统计
2014-06-03 v1 交换代数
统计理论
基因组学
统计理论
摘要
交换型染色体畸变 (ETCAs) 是当染色体断裂且产生的片段与其他染色体的片段重新连接时发生的基因组重排。ETCAs 常见于癌细胞和暴露于辐射的细胞中。这些染色体重排的频率与其空间邻近性相关，因此可用于推断基因组的三维组织。由于数据的稀疏性，从癌症和辐射数据中提取空间邻近性的统计显著性一直较为困难。我们在此提出一种利用代数统计学研究基因组三维组织的新方法。我们在已发表的受辐照人血淋巴细胞数据集上测试了该方法。我们提供了一种检验基因组整体组织的严格方法，结果与先前的研究一致，发现染色体呈随机相对定位，除了染色体对 {1,22} 和 {13,14} 外，它们的 ETCAs 数量显著多于其他染色体对，表明其存在空间邻近性。我们得出结论，代数方法可成功用于分析遗传数据，并具有应用于更大、更复杂数据集的潜力。
引用
@article{arxiv.1406.0148,
title = {Uncovering Proximity of Chromosome Territories using Classical Algebraic Statistics},
author = {Javier Arsuaga and Ido Heskia and Serkan Hosten and Tatsiana Maskalevich},
journal= {arXiv preprint arXiv:1406.0148},
year = {2014}
}