α-螺旋蛋白中的双振子束缚态：分子内非谐性与强振子-声子耦合的相互作用
生物物理
2009-11-10 v1
摘要
在修正的 Davydov 模型中研究了分子内非谐性和强振子-声子耦合对 α-螺旋蛋白中双振子动力学的影响。考虑了每个酰胺-I 振动的分子内非谐性，并根据小极化子方法描述振子动力学。执行了一个幺正变换以消除分子内非谐性，并应用修正的 Lang-Firsov 变换重整化振子-声子相互作用。然后，通过平均场程序获得修饰的非谐振子哈密顿量。表明非谐性改变了振子-声子相互作用，导致修饰效应增强。此外，非谐性和修饰均有利于出现两种不同的束缚态，其性质强烈依赖于非谐性与修饰之间的相互作用。这种依赖性总结在一个相图中，其刻画了束缚态的数目和性质作为问题相关参数的函数。对于显著的非谐性，低频束缚态描述两个振子被俘获到同一酰胺-I 振动上，而高频束缚态涉及两个振子被俘获到最近邻酰胺-I 振动上。
引用
@article{arxiv.physics/0306044,
title = {Two-vibron bound states in alpha-helix proteins : the interplay between the intramolecular anharmonicity and the strong vibron-phonon coupling},
author = {Vincent Pouthier},
journal= {arXiv preprint arXiv:physics/0306044},
year = {2009}
}
备注
may 2003 submitted to Phys. Rev. E