TripNet：一种从三元组构建系统发育网络的方法
计算工程、金融与科学
2015-03-19 v1 种群与进化
定量方法
摘要
我们提出TripNet，一种从三元组构建系统发育网络的方法。我们将介绍该方法背后的动机及其理论和实证依据。为证明TripNet的准确性和效率，我们进行了两项模拟，并将该方法应用于五个已发表的数据集：Kreitman数据、一组来自乌得勒支真菌生物多样性中心的真实酵母三元组数据、一个包含110个高度重组沙门氏菌多位点序列分型序列的集合，以及新西兰高山毛茛属Pseudadonis组的nrDNA ITS和cpDNA JSA序列数据。最后，我们将结果与其他作者使用替代方法已获得的结果进行了比较。TripNet、数据集和补充文件可在(www.bioinf.cs.ipm.ir/softwares/tripnet)免费下载。
引用
@article{arxiv.1104.4720,
title = {TripNet: A Method for Constructing Phylogenetic Networks from Triplets},
author = {Ruzbeh Tusserkani and Changiz Eslahchi and Hadi Poormohammadi and Azin Azadi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1104.4720},
year = {2015}
}
备注
12 pages, 14 figures