纳米通道中蛋白质的平移迁移率：一种粗粒化分子动力学研究
计算物理
2018-06-27 v2 软凝聚态物质
生物物理
摘要
我们利用粗粒化（CG）非平衡分子动力学（NEMD）模拟研究了蛋白质通过模型纳米孔的平移，并将迁移率与先前粗粒化平衡分子动力学模型所得结果进行比较。我们考虑了纳米孔限制和外加力对链霉亲和素通过具有实验代表性尺寸的纳米孔平移的影响。当纳米孔半径接近蛋白质流体动力学半径时，观察到平移时间增加了两个数量级。发现平移时间与一维偏置扩散模型吻合良好。本文给出的结果为了解旨在控制生物分子运动的纳米孔设计提供了有用见解。
引用
@article{arxiv.1801.08697,
title = {Translational Mobilities of Proteins in Nanochannels: A Coarse-Grained Molecular Dynamics Study},
author = {Navaneeth Haridasan and Sridhar Kumar Kannam and Santosh Mogurampelly and Sarith P Sathian},
journal= {arXiv preprint arXiv:1801.08697},
year = {2018}
}
备注
8 pages, 9 figures