在动力学参数实验输入不完整的情况下走向全局代谢网络的动力学建模
分子网络
2008-08-05 v1 定量方法
摘要
据我们所知，这是第一篇关于在动力学参数信息不完整的情况下构建大规模动力学代谢模型的系统性方法的报告，以及该方法在甲基杆菌（Methylobacterium extorquens AM1，一种甲基营养型且环境重要的细菌）中心代谢建模中的初步应用，并包含了所有必要的约束。通过一个系统且一致的程序来寻找生理范围内的参数集，我们克服了大规模动力学建模中的一个突出困难：对大量酶促反应参数的需求。我们能够基于一般的生物学考虑和不完整的实验动力学参数来构建动力学模型。我们方法在不完整输入信息下的成功，由生物学中的两个已知原理保证：系统的鲁棒性及其各部分之间的协作。（欢迎告知处理同类问题的其他方法：[email protected]）
引用
@article{arxiv.0808.0220,
title = {Towards Kinetic Modeling of Global Metabolic Networks with Incomplete Experimental Input on Kinetic Parameters},
author = {P. Ao and L. W. Lee and Me Lidstrom and L. Yin and X. M. Zhu},
journal= {arXiv preprint arXiv:0808.0220},
year = {2008}
}
备注
15 pages, pdf format