质量守恒与基于高通量质谱数据的代谢网络推断
定量方法
2011-06-02 v1 分子网络
摘要
我们提出了一种迈向基于代谢谱数据（如质谱）进行全代谢组细胞代谢反应网络计算推断的步骤。该重建基于使用ARACNE逆向工程算法识别代谢物活性间的不可约统计相互作用，并约束可能的代谢转化以满足质量守恒。所得算法在简化的大肠杆菌代谢计算模型生成的合成数据上得到验证。在完整代谢反应识别中，精确率通常超过50%，召回率也达到20%以上。
引用
@article{arxiv.1007.0986,
title = {Mass Conservation And Inference of Metabolic Networks from High-throughput Mass Spectrometry Data},
author = {Pradeep Bandaru and Mukesh Bansal and Ilya Nemenman},
journal= {arXiv preprint arXiv:1007.0986},
year = {2011}
}
备注
18 pages