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模拟生命条件下酶促反应的通用速率方程

分子网络 2007-12-18 v2 定量方法

摘要

基于我们在耦合多重代谢途径动力学建模方面的经验,我们提出了一种用于代谢动力学动态建模的通用速率方程。其对称形式使得动力学参数(或函数)易于与数据库中的数值关联并用于计算。此外,这种形式适用于具有不同化学计量比的任意数量的底物和产物。我们明确展示了如何针对各种结合机制精确推导此类速率方程。因此,所提出的速率方程在形式上是严谨的。我们讨论了该通用速率方程的各种特征。对于不可逆反应,直接源于酶促反应的产物抑制以一种自然的方式被消除。我们还讨论了如何纳入修饰剂和协同效应的影响。

关键词

引用

@article{arxiv.0709.1696,
  title  = {A Generic Rate Equation for modeling Enzymatic Reactions under Living Conditions},
  author = {L. W. Lee and L. Yin and X. M. Zhu and P. Ao},
  journal= {arXiv preprint arXiv:0709.1696},
  year   = {2007}
}

备注

Accepted by Journal of Biological Systems (8 Sep 2007)