基于涨落理论的耦合反应质量作用动力学
分子网络
2015-12-07 v1
摘要
耦合反应网络的全面且可预测的模拟一直是生物学及其他领域的目标。目前，利用酶质量作用动力学的代谢网络模型具有预测能力，但其范围和应用受限于酶速率常数的测定繁琐且通量低。我们提出了一种用于稳态与非稳态下耦合反应的质量作用定律的统计热力学公式。该公式基于耦合反应的涨落定理，并使用化学势代替速率常数。当用于模拟确定性系统时，该理论对应于对时间依赖反应的重新标度，使得稳态能在相同时间尺度上达到，但计算步骤显著减少。讨论了其在系统生物学应用中的意义。
引用
@article{arxiv.1512.01278,
title = {Mass Action Dynamics of Coupled Reactions using Fluctuation Theory},
author = {William R. Cannon and Scott E. Baker},
journal= {arXiv preprint arXiv:1512.01278},
year = {2015}
}