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DNA 开放态的理论与实验研究

生物大分子 2020-02-04 v2 软凝聚态物质 生物物理

摘要

本文回顾并分析了关于 DNA 开放态性质的文献数据。这些状态是由强烈的 DNA 涨落形成的,并对许多生化过程产生重大影响,例如 DNA 中的电荷转移。我们对宽温度范围内 DNA 开放态动力学和热力学的实验数据进行了比较分析,并解释了不同实验结果之间的差异。基于热力学性质和其他特征的差异,识别出三种类型的 DNA 开放态。此外,给出了术语“开放态”的最新定义。本文综述了简单的 DNA 数学模型,其中大多数模型用一两个变量描述一对碱基的状态。考虑了在此类模型框架下研究异质 DNA 时出现的主要问题。讨论了各类模型在解释实验数据中的作用。特别关注了通过力学模型研究核苷酸对振荡能量的传递和局域化。研究表明,这些过程在异质双螺旋的动力学中起着关键作用。证明其理论解释对于现代分子生物学和生物物理学的发展至关重要。本文探讨了能够描述各种实验数据的理论方法的主要特征,描述了模型发展的前景,提出了优化的具体细节,并讨论了一些实验技术现代化的可能途径。

关键词

引用

@article{arxiv.1402.6533,
  title  = {Theoretical and Experimental Investigations of DNA Open States},
  author = {A. S. Shigaev and O. A. Ponomarev and V. D. Lakhno},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1402.6533},
  year   = {2020}
}

备注

Translation into English of a revised version of the original article (v.1) published in Russian. Review paper, 106 pages