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用于理解微结构中细胞实例级语义与运动的 TYC 数据集

计算机视觉与模式识别 2024-01-09 v1

摘要

分割细胞并跟踪其随时间运动在生物医学应用中是一项常见任务。然而,从显微图像中预测准确的实例级分割与细胞运动仍具挑战性。利用微结构环境在恒定介质流中分析单细胞进一步增加了复杂性。尽管已有大规模标注显微数据集可用,我们尚未知晓任何同时包含细胞与微结构的大规模数据集。本文中,我们介绍了被困酵母细胞(TYC)数据集,一个用于理解微结构中细胞实例级语义与运动的新型数据集。我们发布了 105105 张密集标注的高分辨率明场显微图像,包含约 1919k 个实例掩码。我们还发布了 261261 段精选视频片段,由 12931293 张高分辨率显微图像组成,以促进对细胞运动与形态的无监督理解。TYC 提供的实例标注数量为此前最大同类数据集的十倍,且同时包含细胞与微结构。我们的工作在微结构变异性、分辨率、复杂性及采集设备(显微镜)变异性方面亦超越以往尝试。我们通过引入标准化评估策略,促进了在新数据集上的统一比较。TYC 与评估代码依据 CC BY 4.0 许可公开可用。

关键词

引用

@article{arxiv.2308.12116,
  title  = {The TYC Dataset for Understanding Instance-Level Semantics and Motions of Cells in Microstructures},
  author = {Christoph Reich and Tim Prangemeier and Heinz Koeppl},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2308.12116},
  year   = {2024}
}

备注

Accepted at ICCV 2023 Workshop on BioImage Computing. Project page (with links to the dataset and code): https://christophreich1996.github.io/tyc_dataset/