水在主体-客体相互作用中的角色
计算物理
2021-01-11 v2 生物物理
摘要
原子尺度计算机模拟的主要应用之一是计算配体结合能。这些计算的精度取决于力场质量以及构型采样的充分性。由于自由能地形中频繁出现动力学瓶颈，采样成为现代模拟中的障碍。这一困难常通过增强采样技术来规避。通常，这些技术依赖于引入适当的集体变量，以捕捉系统的自由度。在配体结合中，水长期以来被认为起关键作用，但其复杂行为难以被完全捕捉。本文中，我们将机器学习与物理直觉相结合，构建了一个非局域且高效描述水的集体变量。我们用它研究来自 SAMPL5 挑战赛的一组主体-客体体系。我们获得了高度准确的结合能并与实验良好吻合。随后较详细地分析了结合过程中水的作用。
引用
@article{arxiv.2006.13274,
title = {The role of water in host-guest interaction},
author = {Valerio Rizzi and Luigi Bonati and Narjes Ansari and Michele Parrinello},
journal= {arXiv preprint arXiv:2006.13274},
year = {2021}
}