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原始自催化反应网络中大分子的起源

适应与自组织系统 2013-04-01 v1 生物物理 分子网络 种群与进化

摘要

蛋白质和核酸等大分子对生命至关重要,但其原始起源仍是一个主要谜题。正如我们今天所知,大分子的生产需要良好的催化剂,而我们知道的唯一能完成此任务的优良催化剂本身就是大分子。因此,大分子的起源是化学中的“鸡生蛋、蛋生鸡”问题。在此,我们提出了一种基于自催化集(ACSs)的机制,作为解决该问题的可能方案。我们讨论了一个数学模型,描述了在简化但前生物 plausible 的化学环境中的分子种群动力学。大分子可以通过较小分子的聚结在此化学环境中产生,其中最小的分子(“食物集”)被缓冲。某些反应可由化学环境内的分子催化,具有不同的催化强度。通常,在此类场景中大分子的浓度非常小,并随其尺寸呈指数衰减。如果催化网络中存在自催化集,它们可以将系统资源集中于稀疏的分子集。自催化集可以在种群动力学中产生双稳态,特别是产生自催化集分子主导种群的稳态。然而,要从仅包含食物集的初始条件达到这些稳态,通常需要非常大的催化强度,且该强度随催化剂分子尺寸呈指数增长。我们通过研究“嵌套自催化集”(即一个小自催化集连接并强化一个大自催化集的结构)来解决这一问题。我们表明,当网络包含一系列嵌套自催化集,且分子的催化强度随其尺寸逐渐增加(例如呈幂律分布)时,包括一些非常大分子在内的稀疏分子子集可以主导整个系统。

关键词

引用

@article{arxiv.1110.3618,
  title  = {The origin of large molecules in primordial autocatalytic reaction networks},
  author = {Varun Giri and Sanjay Jain},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1110.3618},
  year   = {2013}
}

备注

49 pages, 17 figures including supporting information