耦合谐振子在单分子拉伸模拟中的 Crooks 关系
统计力学
2025-09-03 v1
摘要
本文提出两种受布朗运动驱动的耦合谐振子模型，用于计算研究涨落定理的应用。本文还说明如何对这些系统的自由能差进行解析计算。计算结果清晰地表明，Crooks 关系能够通过使用在速度高达准静止演化速度三个数量级的非平衡协议中累积做功概率分布，预测初始和最终正规化ensemble之间的自由能差，精度约为 1%。第二个模型的瞬时力和累积做功曲线与实验中 ARN 分子展开的结果相似。因此，这些提议的系统不仅用于说明涨落定理的性能和概念意义，而且可作为生物物理系统的简化模型进行研究。
引用
@article{arxiv.2509.01801,
title = {The Crooks relationship in single molecule pulling simulations of coupled harmonic oscillators},
author = {Julián David Jiménez-Paz and José Daniel Muñoz-Castaño},
journal= {arXiv preprint arXiv:2509.01801},
year = {2025}
}