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辅助区域方法:一种耦合 PDE 与布朗动力学用于反应扩散系统的混合方法

定量方法 2018-06-08 v2

摘要

反应扩散系统被用于表示许多生物和物理现象。它们模拟粒子的随机运动(扩散)及其相互作用(反应)。此类系统可以在多个尺度上建模,具有不同程度的精度和计算效率。当表示真正的多尺度现象时,精细尺度模型可能代价过高,而较粗的模型虽然更廉价,但往往缺乏足够的细节来准确表示所研究的现象。空间混合方法耦合两种或多种此类表示,以提高效率而不牺牲精度。在本文中,我们提出了一种新颖的空间混合方法,称为辅助区域方法(ARM),它耦合了反应扩散系统的 PDE 和基于布朗动力学的表示。界面一侧的数值 PDE 解通过基于隔室的“辅助区域”与另一侧的布朗动力学相耦合。我们证明,该混合方法能够高精度地模拟多种不同测试问题的反应扩散动力学。此外,我们对 ARM 进行了误差分析,表明它对模型中自由参数的变化具有鲁棒性,而以往的耦合算法则不然。我们特别设想该方法将适用于广泛的空间多尺度问题,包括丝状伪足动力学、细胞内信号传导、胚胎发生和行波现象。

关键词

引用

@article{arxiv.1708.04457,
  title  = {The auxiliary region method: A hybrid method for coupling PDE- and Brownian-based dynamics for reaction-diffusion systems},
  author = {Cameron A. Smith and Christian A. Yates},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1708.04457},
  year   = {2018}
}

备注

29 pages, 14 figures, 2 tables