反应布朗动力学及空间涨落对推 - 拉网络增益的影响

布朗动力学算法广泛用于模拟软物质和生化系统。近年来，其应用已扩展到模拟简单生物体中细胞网络的粗粒化模型。在这些模型中，组分通过扩散运动，并在接触时发生反应。然而，当将反应纳入布朗动力学算法时，必须注意避免违反细致平衡规则，从而防止在模拟中引入系统误差。我们提出了一种用于反应 - 扩散系统的布朗动力学算法，该算法严格遵循平衡反应的细致平衡。通过将模拟结果与双分子反应的精确解析结果进行比较，我们表明该算法能正确复现平衡量和动力学量。我们将该方案应用于一个“推 - 拉”网络，其中两种拮抗酶共价修饰底物。我们的结果强调，反应物种的扩散行为可以降低该网络响应曲线的增益。