CRISPR/Cas9 系统中的靶标搜索：具有靶标线索的促进扩散
亚细胞过程
2024-01-12 v1 生物大分子
摘要
我们研究了 CRISPR/Cas9 系统的核心组件 Cas9 如何在 DNA 上搜索靶标序列。我们提出了一个模型，其关键要素包括三维扩散、沿 DNA 的一维滑行，以及靶标前短结合序列（原型间隔子相邻基序——PAMs）的影响。后一方面构成了与传统转录因子促进扩散的主要区别。我们求解了该模型，得到了 Cas9 搜索其靶标的平均时间的表达式。我们发现实验测量的动力学参数接近于产生最优搜索时间的值。我们的结果合理化了 PAMs 在引导搜索过程中的作用，并表明 Cas9 以一种近乎最优的方式搜索其靶标。
引用
@article{arxiv.2401.05714,
title = {Target search in the CRISPR/Cas9 system: Facilitated diffusion with target cues},
author = {Qiao Lu and Simone Pigolotti},
journal= {arXiv preprint arXiv:2401.05714},
year = {2024}
}
备注
9 pages, 6 figures