DNA错配修复中解离式搜索机制的潜在进化优势
亚细胞过程
2021-05-12 v1 生物物理
摘要
参与DNA错配修复的蛋白质复合物似乎沿双链DNA扩散，以通过解离机制定位半甲基化切割位点。在此，我们研究这些复合物通过半解析、蒙特卡洛计算定位给定靶位点的概率，该计算追踪复合物的结合与解离。我们将此类概率与使用非解离扩散扫描获得的概率进行比较，并确定对于实验观察到的扩散常数、搜索距离和搜索持续时间，就成功搜索的概率而言，解离机制既无显著优势也无显著劣势，并且对于大多数半甲基化位点距离，两种搜索机制都高效。此外，我们考察了物理上合理的扩散常数、半甲基化位点距离和结合寿命的空间，并确定了解离搜索比非解离搜索更高效或更低效的区域。我们得出结论，在大部分物理上合理的参数空间中，解离搜索机制具有优势。
引用
@article{arxiv.2012.09844,
title = {Potential evolutionary advantage of a dissociative search mechanism in DNA mismatch repair},
author = {Kyle Crocker and James London and Andrés Medina and Richard Fishel and Ralf Bundschuh},
journal= {arXiv preprint arXiv:2012.09844},
year = {2021}
}